Pengaruh Volume Gridbox pada Docking Senyawa dalam Stelechocarpus Burahol terhadap Protein Homolog Antiinflamasi TRPV1

Abstract

Penentuan pusat massa dan volume gridbox docking yang tepat mendekatkan hasil prediksi dengan aktivitas biologis sesungguhnya. Hal ini menjadi mudah untuk protein yang telah tersedia dalam database. Teknik homologi dapat digunakan untuk menyelesaikan permasalahan ketiadaan protein target. Penelitian ini ditujukan untuk mengetahui pengaruh perubahan volume gridbox terhadap hasil docking dan mendapatkan senyawa dengan nilai binding affinity terbaik terhadap protein homolog antiinflamasi jalur transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 (TRPV1). Urutan FASTA protein TRPV1 pada manusia digunakan untuk skrining protein homolognya termasuk ligan yang direkomendasikan (native-like) oleh COACH. Protein homolog TRPV1 diperoleh dari i-TASSER server. Penapisan binding site pocket protein telah dilakukan menggunakan DoGSiteScorer. Protein dan ligan dilakukan preparasi agar dapat digunakan dengan idock. Pusat massa ligan native-like digunakan sebagai pusat dari gridbox untuk proses docking dengan variasi volume 14-30kÅ. Analisis hasil docking dilakukan terhadap nilai dari idock-Score, RF-Score (keduanya mewakili afinitas ikatan ligan-protein), konformasi 3D ligan hasil docking, dan interaksi ligan-protein). Konformasi ligan hasil docking dipengaruhi oleh fleksibilitas struktur kimia ligan dan volume gridbox perhitungan. Senyawa 4 dan 14 dari total 15 ligan memiliki nilai idock- dan RF-Score terbaik dibandingkan native-like, senyawa 6o8. Terdapat 8 ligan dengan idock-Score lebih rendah dari native-like yang sama. Hal terbalik didapatkan bahwa tidak ada satu pun ligan yang mempunyai kedua nilai Score lebih baik dibandingkan senyawa 6ue. Senyawa native-like atau ligan dengan tingkat fleksibilitas tinggi memiliki kemampuan berinteraksi dengan binding site pocket lebih besar dengan variasi konformasi interaksi lebih banyak. Nilai afinitas ikatannya pun ditentukan oleh volume gridbox yang digunakan dalam docking.